Hochkarätige Genetiker Veröffentlichen Ergebnisse Auf Der Website Für Beliebte Vorveröffentlichungen
Hochkarätige Genetiker Veröffentlichen Ergebnisse Auf Der Website Für Beliebte Vorveröffentlichungen

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Anonim

Bevölkerungsbiologen wenden sich immer mehr arXiv zu, das bereits bei Physikern beliebt ist, um eine breitere Leserschaft und eine schnelle Überprüfung der Ergebnisse zu erreichen.

Aus der Zeitschrift Nature.

Der Preprint-Server arXiv.org ist vielleicht am besten als Reservat theoretischer Physiker und Astrophysiker bekannt. Im Jahr 2008 kamen jedoch unveröffentlichte Manuskripte oder Vorabdrucke von Physikern der kondensierten Materie, die Ansprüche auf das sich schnell bewegende Thema der Supraleiter auf Eisenbasis namens Pnictides erheben wollten. Jetzt stehen die Biowissenschaften möglicherweise kurz vor ihrem eigenen „pnictide moment“, wobei Populationsgenetiker die Anklage anführen.

Im vergangenen Monat haben führende Forschungsgruppen in arXiv hochkarätige Artikel zur genetischen Geschichte der Südafrikaner veröffentlicht1 und Europäer2. Andere prominente Populationsgenetiker haben dem Server, der von der Cornell University in Ithaca, New York, gehostet wird, methodenbasierte Artikel vorgelegt. Die Anzahl der Biologiepapiere auf dem Server ist im Vergleich zu Vorabdrucken der Naturwissenschaften immer noch gering (siehe „Biologie öffnet sich“), aber Paul Ginsparg, ein theoretischer Physiker bei Cornell, der 1991 arXiv gründete (Ref. 3) begrüßt, was er hofft, könnte eine grundlegende Veränderung sein.

"Es ist wunderbar, wenn sich Biologen verspätet dem späten 20. Jahrhundert anschließen", witzelt er. "Willkommen zur Party; besser spät als nie.".

Biowissenschaftliche Veröffentlichungen zu arXiv gibt es fast seit seiner Gründung, aber Biologen scheuen diesen Ansatz in der Regel, weil sie befürchten, geschöpft zu werden oder Zeitschriften zu beleidigen. Erst im Jahr 2003 eröffnete die Site einen Abschnitt speziell für Artikel zur quantitativen Biologie, kurz „Q-Bio“. In der Vergangenheit in diesem Abschnitt veröffentlichte Artikel berichteten jedoch eher über esoterische Modelle und Methoden, häufig von Physikern, die sich mit Biologie beschäftigten.

Die Populationsgenetik ist reich an Mathematik und reich an Open-Data-Traditionen der Genomik. Sie scheint der ideale Kandidat zu sein, um ihre Zehen in die Vorveröffentlichung zu tauchen, was die Vorteile von Geschwindigkeit und offener Diskussion mit sich bringt. „Ich bin in der Physik aufgewachsen“, sagt Richard Neher, Populationsgenetiker am Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie in Tübingen. Neher hat seit 2004 mehr als zehn Beiträge bei arXiv mitverfasst.

Trotz solcher Beispiele stammt einer der bekanntesten Life-Science-Preprints auf arXiv aus der Mikrobiologie, nicht aus der Populationsgenetik. Als Gegenargument zu einem Wissenschaftspapier aus dem Jahr 2011 veröffentlicht, in dem berichtet wird, dass ein Stamm von Halomonas-Bakterien aus einem kalifornischen See Arsen in seine DNA einbauen könnte4erschien der Preprint im Januar auf dem Server5 vor seiner Veröffentlichung in Science in diesem Monat6. Dennoch spielte ein Populationsgenetiker eine Rolle - der Co-Autor der Zeitung, Leonid Kruglyak von der Princeton University in New Jersey und dem Howard Hughes Medical Institute, arbeitet vor Ort. Kruglyak sagt, er werde arXiv für zukünftige Studien aus seinem Labor in Betracht ziehen.

Eine weitere aufmerksamkeitsstarke Stellungnahme prominenter Genetiker, die am 23. Juli veröffentlicht wurde, vergleicht die genomische Variation in 22 afrikanischen Populationen, um auf eine alte genetische Verbindung zwischen Menschen im südlichen und östlichen Afrika hinzuweisen1. Einer der führenden Autoren der Zeitung, der Genetiker David Reich von der Harvard Medical School in Boston, Massachusetts, veröffentlicht regelmäßig in den Zeitschriften Nature und Public Library of Science. Der Co-Autor Carlos Bustamante von der Stanford University School of Medicine in Kalifornien ist führend im Feld. Reich sagt, dass der Erstautor Joseph Pickrell, ebenfalls an der Harvard Medical School, die Verwendung von arXiv vorgeschlagen hat. Reich und die anderen Mitautoren sahen keinen guten Grund, das Manuskript dort nicht zu veröffentlichen. "Es könnte ein Beispiel dafür sein, dass die jüngere Generation hereinkommt und so etwas natürlich findet", sagt Ginsparg.

Für die meisten Biowissenschaftler ist die Vorveröffentlichung jedoch immer noch eher ein Rinnsal als ein Trend, sagt der statistische Genetiker Graham Coop von der University of California in Davis. Er und sein Postdoc, der Statistiker Peter Ralph, haben am 16. Juli einen Artikel veröffentlicht, in dem die genetische Verwandtschaft benachbarter europäischer Bevölkerungsgruppen analysiert wird. Coop ist weiterhin optimistisch, was das Potenzial von arXiv angeht. "Die Biologie wird diesen Trend bald voll und ganz berücksichtigen müssen: Die Geschwindigkeit der Diskussion, Kommentierung und Überprüfung vor der Veröffentlichung ist in der Biologie mehr als in den meisten anderen Bereichen erforderlich", sagt er.

Einige Populationsgenetiker haben jedoch immer noch das Gefühl, dass diejenigen, die bei arXiv posten, sich den Hals rausstrecken. Einige Biologie-Zeitschriften, wie beispielsweise die von der Ecological Society of America in Washington DC veröffentlichten, verbieten ausdrücklich die Vorveröffentlichung in zitierfähigen öffentlichen Archiven. Und es gibt Bedenken, festzustellen, wer als Erster eine Entdeckung gemacht hat.

Aber Ginsparg sagt, dass eine Vorveröffentlichung eher verhindert, dass Wissenschaftler geschöpft werden. In vielen Bereichen der Physik zählt die Veröffentlichung auf arXiv, um Priorität zu beanspruchen, und Journalprüfer können den Server verwenden, um zu überprüfen, ob Entdeckungen korrekt zugeordnet wurden. Eine Autorenhistorie, die allen arXiv-Artikeln beiliegt, ermöglicht es Wissenschaftlern auch, Streitigkeiten vorrangig zu schlichten. In den 21 Jahren seit Beginn von arXiv hat Ginsparg Astrophysiker, Informatiker und andere von Skeptikern zu Anhängern gemacht. "Sobald eine Community arXiv einführt, scheint sie es nie mehr aufzugeben", sagt er.

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